В 1904-1906 гг. выходит главный философский труд Богданова «Эмпириомонизм. Статьи по философии» и вызывает острую критику Плеханова и его последователей. Плеханов посвящает Богданову три статьи в виде «писем» под названием «Materialismus militans [Воинствующий материализм]. Ответ г. Богданову» (1908-1910), в которых отлучает его от марксизма, поскольку «все здание этого учения покоится на диалектическом материализме», а автор «Эмпириомонизма» как последователь махизма-эмпириокритицизма не стоит и не может стоять на материалистической точке зрения.

В 1909 г. еще недавний политический союзник Богданова Ленин под псевдонимом Вл. Ильин публикует книгу «Материализм и эмпириокритицизм. Критические заметки об одной реакционной философии», где взгляды Богданова характеризуются следующим образом: «Наверху» у Богданова - исторический материализм, правда, вульгарный и сильно подпорченный идеализмом, «внизу» - идеализм, переодетый в марксистские термины, подделанный под марксистские словечки».

До Октябрьской революции 1917 г. Богданов спорил со своими философскими оппонентами, смело вызывая их на бой. Он отвечал на обличительную критику Плеханова, обвиняя его в том, что сам он излагает материализм от имени Маркса при помощи цитат из Гольбаха. Большой статьей «Падение великого фетишизма (Современный кризис идеологии). Вера и наука (о книге В. Ильина «Материализм и эмпириокритицизм»)» Богданов ответил на ленинскую критику его взглядов. В 1918-1920 гг., продолжая свою многолетнюю просветительскую деятельность среди рабочего класса, Богданов стал одним из руководителей организации «Пролетарская культура» (Пролеткульт), в идеологических установках которой просматривалась тенденция изолировать социалистическую культуру от мировой, якобы буржуазной культуры. В 1920 г. вышло второе издание ленинского «Материализма и эмпириокритицизма», автор которого поручил В. И. Невскому (1876-1937) ознакомиться с новыми произведениями Богданова. Статья Невского с характерным заглавием «Диалектический материализм и философия мертвой реакции» была опубликована в качестве приложения к книге Ленина, который в предисловии к ней подчеркнул, что «под видом «пролетарской культуры» проводятся А.А. Богдановым буржуазные и реакционные воззрения».

Последующая вслед за этим резкая критика деятельности Богданова вынудила его возвратиться к своей первоначальной специальности врача и возглавить в 1926 г. первый в мире Институт переливания крови. В 1928 г. он погиб в результате поставленного на себе опыта по переливанию крови.

Что же собой представляли философские воззрения Богданова, которые он сам называл эмпириомонизмом! Первая часть этого слова означает «опыт» (по-гречески empeiria - опыт), вторая - единство (от греческого monos - один). «Эмпириомонизм, - по определению Богданова, - есть социально-трудовое миропонимание». С точки зрения такого миропонимания «вселенная представляется нам как бесконечный поток организующей активности». «Первичной мировой средою, из которой кристаллизовалась материя с ее силами», является, по Богданову, «эфир электрических и световых волн». Развитие мира характеризует организованность элементов. В неорганической материи она выше, чем в первооснове вселенной. Жизнь - «высший тип явлений вселенной» - «представляет ряд различных ступеней организации» от простейшей клетки до человеческого организма. И наконец, «высшим пределом лестницы является для нас человеческий коллектив, в наше время уже многомиллионная система, составленная из индивидуумов».

Богданов стремился обновить философскую терминологию, учитывая, как ему казалось, достижения современной науки и философии, не застывшей со времени Маркса и Энгельса, и в этом смысле он действительно стоял, в отличие от Плеханова и Ленина, на неортодоксальной философской позиции.

Богданов считал себя марксистом. Не отрицал он и диалектический материализм, полагая, что «диалектический материализм был первой попыткой выразить и оформить точку зрения рабочего класса на жизнь и мир» (там же, 203). Диалектический материализм стоял, по его мнению, на правильном пути движения, ибо «в основу миропонимания он положил производство, социально-трудовую деятельность людей и в побежденных, покоренных силах природы видел производительные силы общества». Однако Богданов был убежден, что нельзя цитаты из Энгельса считать «достаточной заменой научной аргументации вообще» и недопустимо выводить из теории Маркса «формальное идеологическое запрещение искать других точек зрения», утверждать, что «никогда никакие другие методы ни к чему, кроме путаницы и лжи привести не могут».