Значительные изменения во взаимоотношениях между религией и философией происходят в Новое время, хронологически охватывающее собой период с конца XVI века до середины XIX в. Начинается этот период с того, что философия только-только подготавливает пространство для самостоятельного существования, а заканчивается серьезным ослаблением роли религии и доминированием светских концепций, опирающихся на человеческий разум и опыт социально-политической жизни общества.

Такое изменение ситуации стало возможным главным образом благодаря потребностям экономического развития преимущественно европейских государств. Жизнь, развитие производства настоятельно требовали эмпирических данных, их систематизации и выяснения причинно-следственных связей. Наука Нового времени, и в частности, естествознание стремятся к познанию действительности, опирающейся на чувственные знания, ибо религиозная вера таких знаний не давала. Обращение к чувственному познанию, ведет к небывалому до этого выявлению конкретных фактов в различных областях человеческой деятельности. Однако характер философского мышления определяется не только ориентацией на чувственное восприятие и практические результаты. Не меньшее значение имеет систематизация, классификация открываемых явлений, способствующих развитию теоретического мышления, которое, в свою очередь, стремится не только отыскать причинно-следственные связи, существующие между явлениями, но и создать на основании полученных знаний новую картину мира и показать роль в нем человека и Бога. Подобный подход полностью подрывал монополию богословия на объяснение происхождения мира и характера происходящих событий, открывал перед человеком новые пути его объяснения и познания, в том числе материалистические, совершенно невозможные в предшествующие столетия.

Огромная роль в утверждении позиции философии в качестве познавательной дисциплины в общественной жизни принадлежит французскому мыслителю Рене Декарту (1596—1650). Прежде всего он утвердил в праве на самостоятельное существование человеческое «Я», человеческое мышление, независимое ни от чего, в том числе от Бога. Человеческий ум, разум, по Декарту, — это независимая ни от кого и ни от чего субстанция. Более того, без Я, человеческого мышления трудно представить что-либо существующим. Отсюда знаменитое декартовское изречение: «Я мыслю, следовательно, я существуют. После Декарта, человеческий ум, человеческое Я, которое в течение столетий боролось с религией за самостоятельное от Бога существование, обрело право на жизнь. С этого момента без учета человеческого разума нельзя было приступать к констатации или анализу любого явления. Разумеется, Декарт не отвергает право Бога, а следовательно, религии на существование, но он отрицает за ними право быть предтечей, началом философствования. Философия Декарта являет собой новый, рационально мыслимый мир, отвечающий соответствующему уровню естествознания и определяющий параметры его будущего развития. Гегель охарактеризовал новую философию так: Декарт направил философию в совершенно новое направление, которым начинается новый период философии— О исходил из требования, что мысль должна начинать с самой себя. Все предшествующее философствование, в частности, то, которое исходило из авторитета церкви, было, начиная с этого времени; отвергнуто.

В области познания для Декарта, и это органически вытекает из его основополагающего принципа, исходным выступает мыслящее Я, то есть человеческое сознание. Ни Бог, ни вера, а человек, его мысль является источником и средством постижения знания.

Исходя из сказанного, можно полным на то основанием утверждать, что после Декарта философия не только уравнялась с богословием в правах на существование и объяснение мира, но и в определенной степени даже получила кое-какие преимущества в том, что касается роли человеческого ума в познании мира.

Новую страницу во взаимоотношениях философии с религией открыли французские мыслители-просветители XVIII века. Впервые в истории общественно-политической мысли они сделали Бога, религию, церковные ритуалы объектом критики, порой непоследовательной, а иногда даже ставившей под сомнение право религии со всеми ее атрибутами на существование. Более того, богословие, церковный клир обвинялись во всех земных грехах и, в частности, в том, что сдерживали общественный прогрессу развитие человека и выступали средоточием зла на земле. В подтверждение приведем некоторые идеи и высказывания французских мыслителей-просветителей.