Поздняя, или зрелая схоластика (XIII-XIV вв.) возникла в связи с дальнейшим прогрессом городской жизни, возникновением университетов, ставших основными центрами преподавания наук (особенно Парижского и Оксфордского университетов). В отличие от ранней схоластики она стремилась использовать для потребностей обоснования христианской догматики аристотелизм, что было начато еще Августином и продолжено Альбертом Великим (родился между 1193-1207, умер в 1280). Теологическая интерпретация учения Аристотеля нашла свое завершение в обширной философской системе Фомы Аквинского (1225-1274). В качестве исходного принципа ее построения Аквинский берет принцип гармонии веры и разума. Разум, считает Аквинский, способен доказать бытие бога и отклонить возражения против истин веры. Он не только воспроизводит космологическое доказательство существования бога Аристотеля и онтологическое доказательство Августина, но и конструирует новое доказательство. Мы, по мнению Аквинского, можем прийти к идее бога, как первопричине, прослеживая вспять причинно-следственные связи: каждое существующее имеет причину, оно в свою очередь – причину, и т.д., а первопричиной всего есть бог. Все существующее тем самым укладывается в созданный богом миропорядок. Система Аквинского под названием томизма (от латинского Thomas - Фома) начиная с XIV в. остается официальной идеологией католической церкви.

Против томизма выступали последователи Дунса Скотта (1265-1308), группировавшиеся вокруг францисканского ордена. В отличие от Аквинского Дунс Скотт стремился отделить философию от теологии. Троичная природа бога, воплощение бога в сыне, сотворение мира из ничего, - говорил Дунс Скотт, - не постижимы для ума и не доказуемы философски.

Философия, по его мнению, вообще бессильна в деле спасения человека, потому что она игнорирует все личное и умозаключает от общего к общему. Богословско-философские противоречия он пытается разрешить в духе концепции двойственности истины. Вслед за основателем этой концепции арабским философом Ибн-Рушдом (Аверроэсом) (1126-1199) он считал, что в философии имеются истины, не приемлемые для богословия и обратно.

Но опасность для классической теологии Фомы Аквинского и католицизма исходила не только от Дунса Скотта и его сторонников Вильяма Оккама (1300-1350), Ж. Буридана (1300-1358) и других представителей поздней схоластики, которые отстаивали концепцию двойственности истины и вместе с нею независимое от опеки церкви научное исследование. В позднем средневековье стал распространяться мистицизм И. Экхарда (1260-1327). Познать бога, а через него и сущность мира, по Экхарду, можно только путем сверхразумного религиозного созерцания, интуицией, внезапным озарением и никакая теология и церковь в этом деле не нужны. Этим тезисом Экхарда через некоторое время воспользовались деятели антикатолического движения Реформации, в частности Мартин Лютер.

Подводя итог, следует заметить, что философия средневековья искала не столько истину, сколько способы обоснования догматов веры. С развитием научного исследования она неизбежно пришла в упадок. Однако интерес к этой философии периодически возрождался. Особенно он возрос в настоящее время в связи с переживаемым сегодня религиозным ренессансом.