Смешение представления о материи как философской категории с определенными естественнонаучными знаниями о ее строении было характерно для естествоиспытателей XIX века, которые считали, что материя представляет собой неделимые, непроницаемые частички вещества – атомы. Эта ограниченность механистического, метафизического взгляда на мир привела часть ученых к идеалистическим выводам об исчезновении материи, когда в физике на рубеже XIX-XX веков было открыто сложное строение атома, изменчивость массы элементарных частиц, установлена математическая зависимость массы и энергии в теории относительности. Идеалистические спекуляции на трудностях познания в области микромира получили название «кризиса современной физики». К кризису ученых привело метафизическое мышление, отождествление философского принципа сохранения материи с идеей о «первокирпичиках» материи, о неделимости, неразрушимости атомов. С открытием сложного строения атомов исчезает не материя, а лишь тот предел, до которого наука раскрыла тайны материи: электрон так же неисчерпаем, как и атом, материя бесконечна.

Подход к определению материи через материалистическое решение основного вопроса философии фиксирует в этом определении материалистический субстанциализм, т.е. делает определение философско-категориальным, отличным от идеалистического субстанциализма. Более того, материя в субстанциональном аспекте включает в себя и свою противоположность – сознание как свойство одной из форм своей системной организации. Иными словами, материя в субстанциональном смысле включает и человека со всем его духовным многообразием.

В последнее время в учебной и научной литературе намечается и предполагается, что материю следует определять с точки зрения категории личности, что, по мнению авторов этой идеи, позволит осуществить синтез различных стратегий исследования материи, но какой будет эта новая концепция материи — покажет будущее.

Конкретно-научные представления о материи, ее видах и свойствах никогда не будут исчерпывающими, с каждым новым открытием они углубляются, уточняются, заменяются новыми. Философское понятие материи, обогащаясь новым, конкретным содержанием, и, будучи предельно широким, объединяет в себе все богатство объективно существующих материальных тел и явлений, включая и те явления природы и общества, которые будут открыты наукой только в будущем.

Однако различие между философским и конкретно-научным представлением о материи нельзя абсолютизировать. Материя как объективная реальность является предметом изучения всех наук, каждая из которых исследует какой-то определенный вид материи или ее свойство. Философия анализирует материю в ее соотношении с сознанием.

Гносеологическое определение материи составляет фундамент научного материалистического мировоззрения. Если окружающий мир существует объективно, то для того, чтобы правильно ориентироваться в нем, преобразовывать его, надо исходить не из субъективных пожеланий или надежд на божественный промысел, а из реальной действительности, из объективного положения вещей. Человеку необходимо в своей деятельности руководствоваться объективными законами внешнего мира. Если люди не считаются с ними, их планы и намерения во многом остаются неосуществленными.

Из диалектико-материалистического учения о материи следует методологический вывод о неисчерпаемости материального мира. В мире нет абсолютно простой, неизменной субстанции. Каким бы простым и элементарным ни казался объект, в действительном бытии он бесконечно сложен и неисчерпаем. Идея о неисчерпаемости материи как вширь, так и вглубь в настоящее время является по существу программным положением для всех наук.

Итак, философское понятие о материи отражает ее основное свойство – быть объективной реальностью, существовать вне нашего сознания - и ориентирует конкретно-научные дисциплины на познание неисчерпаемых ее свойств, на познание ее строения и структуры.

В основе современных научных представлений о строении материи лежит идея о сложной системной организации ее. Система

(от греч. – целое, составленное из частей) – это совокупность элементов, которые своими отношениями и связями образуют определенную целостность, единство. Целостность как системообразующий признак представляет собой принципиальную несводимость свойств системы к сумме свойств составляющих ее элементов и зависимость каждого элемента от его места в системе. Практически каждый объект может быть представлен как система. Любая материальная система взаимодействует с целым рядом других систем и в ходе этого взаимодействия ее свойства меняются. Но некоторые свойства систем сохраняются при любых изменениях, и это является условием существования данной системы, условием сохранения ее структуры. Структура( от лат. – строение, расположение) – это совокупность устойчивых связей и отношений между элементами системы, которые обеспечивают целостность системы. Следовательно, система – это элементы и их структура в целостном единстве.