Как мы видим, Ч. Валиханов связывает упадок прошлой культуры Востока и ее современный застой непосредственно с реакционной деятельностью мусульманского духовенства. Больше того, он склонен считать, что господство невежества в Азии и даже бедность азиатских народов порождается той же причиной.

Крайнее возмущение Ч. Валиханова вызывало то обстоятельство, что мусульманское духовенство, будучи само совершенно невежественным, сосредоточивало в своих руках все дело народного образования. Та критика, с которой обрушился на духовенство и религию Ч. Валиханов, была обусловлена обстоятельствами общественной жизни конкретного исторического времени. Его непримиримая борьба против клерикализма и проповедуемой им религиозной веры была, в сущности своей, борьбой против духа бездушных порядков, против вопиющей несправедливости и общественных пороков, превращавших человека в послушного раба власть имущих.

Как показывает анализ работ Ч. Валиханова, он превосходно знал религиозную догматику ислама, буддизма, христианства и т.д. Это дает основание рассматривать его не только как выдающегося борца против религии, но и как одного из крупных религиоведов дореволюционного Казахстана, внесшего довольно серьезный вклад как в русское, так и в мировое религиоведение. Ч. Валиханов с поразительной для своего времени глубиной раскрывает антинаучную сущность мусульманских догм, их полную и коренную противоположность научным данным. Ч. Валиханов вовсе не ограничивался простой и справедливой констатацией нелепости религиозных вымыслов ислама, их антинаучного характера. Он исследует ислам более основательно, сравнивая его догматы с догматами других религиозных течений, с религиозными представлениями древних и приходит к выводу, что ислам, в сущности, является ни чем иным, как своеобразным сборником ложных, основанных лишь на невежественных домыслах, примитивных воззрениях древних людей об окружающем их мире. Постоянно вскрывая и подчеркивая несостоятельность и абсурдность религиозных догм ислама, Ч. Валиханов не менее решительно отмечает лживость идей и других религиозных течений. Одну из наиболее реакционных черт ислама Ч. Валиханов видел в том, что религия эта гасит у народов, исповедующих ее, «всякую искру самобытности, всякую рациональность». Само по себе стремление Ч. Валиханова добиться преодоления казахским народом периода господства ислама в степи было, разумеется, прогрессивным. Но отсталые условия окружающей действительности не дали ему возможности открыть и указать правильное, научно обоснованное средство борьбы против распространения ислама в Казахстане. Ч. Валиханов не только вскрыл несостоятельность и реакционную роль религии, не только боролся против нее, но и пытался дать естественно-научное объяснение ее сущности, раскрыть подлинные причины ее происхождения.

Атеистический характер мировоззрения Ч. Валиханова отмечали многие из его друзей и современников. В условиях почти поголовной неграмотности народа формальное отречение от мусульманства не дало бы никакой пользы, зато могло бы вызвать недоверие народа, что было крайне нежелательно для Ч. Валиханова, стремившегося влиять на народ.